Für die Vogelwarte arbeiten Fachleute aus der Biologie, Umweltnaturwissenschaften, Land- und Forstwirtschaft, Veterinärmedizin, aber auch aus den Bereichen Kommunikation, IT, Finanzen, Elektronik, Statistik und im Kundenservice.
Die Institutsleitung der Schweizerische Vogelwarte Sempach besteht aus dem Leiter Forschung (Gilberto Pasinelli), dem Leiter Förderung (Peter Knaus), der Leiterin Betrieb (Barbara Trösch) und dem Leiter Öffentlichkeitsarbeit (Matthias Kestenholz). Das Vierergremium entscheidet als Kollektiv; den Vorsitz führt Matthias Kestenholz. Die Institutsleitung ist dem Stiftungsrat verantwortlich.
Die Wissenschaftliche Kommission besteht aus 3–5 Mitgliedern des Stiftungsrates und weiteren, vom Stiftungsrat frei gewählten Fachpersonen. Die Wissenschaftliche Kommission befasst sich mit der fachlichen Tätigkeit der Vogelwarte, der Qualität der Projekte und der Vermittlung von Kontakten zu Dritten.
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